Zajęcia są realizowane w systemie klasowo-lekcyjnym (dla I i II etapu edukacyjnego) oraz w formie zajęć rewalidacyjnych (zespoły rewalidacyjno-wychowawcze). Uczniowie realizują obowiązek szkolny także w postaci zajęć indywidualnych (w szkole lub na terenie domu rodzinnego).
Szkoła Podstawowa Nr 9 kształci uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu lekkim, umiarkowanym, znacznym i głębokim. W zależności od stopnia niepełnosprawności realizowane są zajęcia w postaci przedmiotów nauczania, zajęć rewalidacyjnych, zajęć usprawniających, zajęć logopedycznych, zajęć korygujących wady postawy.
Celem kształcenia i wychowania uczniów jest przygotowanie ich do samodzielnego funkcjonowania w najbliższym środowisku. Szkoła Podstawowa jest etapem do zdobywania wiedzy i umiejętności w gimnazjum i szkole zawodowej.